平成１８年度の数字が厚生労働省のサイトにアップされたようです。（※飼えなくなった飼い主がセンター等に連れて行く分の数字は、環境省の統計になるのでこちらには含まれていません。）
狂犬病について
都道府県別の犬の登録頭数と予防注射頭数等
http://www.mhlw.go.jp/bunya/kenkou/kekkaku-kansenshou10/01.html
犬の登録頭数と予防注射頭数等の年次別推移（昭和３５年～平成１８年度）
http://www.mhlw.go.jp/bunya/kenkou/kekkaku-kansenshou10/02.html